「藩校時習館」や「医学校再春館」が設立されるなど、「熊本藩」の教育は全国にその名を知られてきた。1887（明治20）年には、「熊本大学」の前身で、全国で5校設置されたナンバースクールの高等中学校のひとつ「第五高等中学校」も設立。その後、私学も次々と開校し、政財界をはじめ各界に多くの人材を輩出してきた。
「熊本県立済々黌（せいせいこう）高等学校」は、「熊本藩」の藩校「時習館」出身の佐々友房氏、高橋長秋氏らが1879（明治12）年に設立した「同心学舎」を前身とする。1882（明治15）年、飯田熊太氏、佐々氏らが「三綱領」を建学精神とし、「徳・体・知」の三育併進の教育を行う「済々黌」を創設した。その後、「熊本県中学済々黌」を経て、1900（明治33）年に本校を二分し「第一済々黌」、「第二済々黌」（現「熊本県立熊本高等学校」）と改称した。「第一済々黌」は黒髪村の新校舎に移転し、同年12月には県立の「熊本県中学済々黌」となった。写真は1906（明治39）年6月落成の旧本館（黄壁城）。戦前まで利用された。【画像は昭和初期】
校舎は現在も「熊本県中学済々黌」時代に移転した黒髪にあり、1948（昭和23）年には「熊本県立済々黌高等学校」となり、翌年に男女共学化された。
1887（明治20）年、「中学校令」により全国に設置された5つのナンバースクールの高等中学校のひとつ「第五高等中学校」は、1894（明治27）年の「高等学校令」により「第五高等学校（五高）」となった。「五高」では嘉納治五郎氏、夏目漱石氏、ラフカディオ・ハーン（小泉八雲）氏らが教鞭をとり、寺田寅彦氏、佐藤栄作氏ら多くの人材を送り出した。1950（昭和25）年の「学制改革」により、新制の「熊本大学」となっている。写真は1889（明治22）年に完成した本館（教室棟）で、明治後期に撮影されたもの。【画像は明治後期】
「熊本大学」のキャンパスには「表門」をはじめ、「第五高等学校」時代の建物が現在でも残っている。写真は「五高記念館（旧五高本館）」で、1969（昭和44）年に国の重要文化財に指定された。
1897（明治30）年に誕生した「第五高等学校（五高）」の工学部は、1906（明治39）年に独立して「熊本高等工業学校」となった。「五高」時代からある土木工学科、機械工学科に加え、採鉱冶金学科を増設。その後、電気工学科も増設し、1944（昭和19）年に「熊本工業専門学校」となった。戦後の学制改革により、1949（昭和24）年に新制の「熊本大学」が設立された際に、工学部として包括された。写真は1909（明治42）年に竣工した「熊本高等工業学校」の初代本館。【画像は1909（明治42）年】
初代本館は1922（大正11）年に焼失。1925（大正14）年、初代本館があった場所に新本館が完成した。新本館は現在でも「熊本大学」の事務局本館として利用されている。1998（平成10）年には国の登録有形文化財となった。
1898（明治31）年に設立された「路帖（ルーテル）熊本教会」の宣教師、チャールズ・L・ブラウン氏は、1909（明治42）年に「路帖神学校」を開校。1910（明治43）年には「九州学院」の設立が認可され、翌年に開校した。「路帖神学校」はこの時「九州学院神学部」に改組されている。1943（昭和18）年には「九州中学校」へと改称。戦後の1946（昭和21）年に「九州学院中学校」とされ、1948（昭和23）年には新制高等学校の設置も認可された。写真は昭和初期頃のキャンパス。【画像は昭和初期】
校舎の多くは建て替えられているが、写真左奥に見える「九州学院ブラウンチャペル」は現存。1924（大正13）年築の建物で、1996（平成8）年に国の登録有形文化財となった。
