所得税を給与等の支払者が徴収して納付するしくみ。 源泉徴収は、所得者自身が税額を計算し申告して納付する申告納税制度の特例で、給与、利子、配当、報酬などの所得について適用される。これらの所得の支払者は、支払額に応じて所得税額を計算し、支払を受ける者に対しては支払額からその所得税額を差し引いて支払い、源泉徴収票を交付し、徴収した所得税額は国（税務署）に直接納付する。 また、復興特別所得税についても所得税と同様に源泉徴収のしくみが適用されている。 源泉徴収された所得税額は、源泉分離課税される利子所得等を除いて、年末調整や確定申告によって精算される。 給与等の支払者は、源泉徴収した所得税額を税務署に納付する義務を負うほか、個人事業の開業や給与支払事務所等の開設などに当たっては税務署に届け出なければならない。

個人の所得に対して課される税金で、国税である。 課税の対象となる所得は、給与所得、事業所得、利子所得、配当所得、不動産所得、譲渡所得、退職所得、山林所得、一時所得、雑所得に分類されている。たとえば、家賃収入など不動産の貸付けによって得る収入は不動産所得、不動産の譲渡によって得る収入は譲渡所得である。 所得額の計算は、所得の種類ごとに定められている方法で行なう。課税額は、退職所得及び山林所得以外の所得については、それぞれの所得額を合算した金額をもとに算定する（総合課税）。また、退職所得および山林所得については、他の所得から分離してそれぞれの課税額を算定する。 所得税の課税額は、（1）所得額から、社会保険料控除、医療費控除、配偶者控除・配偶者特別控除、扶養控除、基礎控除などの控除対象となる金額の合計額を減じてその差額を求め（これが課税所得金額）、（2）課税所得金額に所得税率を乗じ、（3）さらに、乗じて得た金額から、配当控除、住宅ローン控除（住宅ローン減税）、住宅耐震改修特別控除等の税額控除の対象となる金額の合計額を差し引いて算出する。これが納付すべき税額（基準所得税額）である。 所得税については累進課税制度が採用され、その税率は、課税所得金額が195万円までは5%、これを超える金額については、一定の額を超えるごとに、10%、20%、23%、33%、40%、45%と高くなっていくように設定されている。 なお、2013年から37年までは、復興特別所得税額（基準所得税額に2.1%を乗じた金額）を加算して納税しなければならない。 また、所得税は申告によって納付するが、申告納税額は、基準所得税額と復興特別所得税額の合計額から源泉徴収税額および外国税額控除額を差し引いた残りの金額である。従って、申告の必要がない場合もあるし、申告によって税金が還付される場合もある。

所得税は、毎月の給料や賞与からあらかじめ概算の税額を差し引いておく仕組みになっており、この概算の税額を「源泉徴収税額」という。 この源泉徴収税額はあくまで概算なので、1年の終了時点では、所得税の払い過ぎ（または不足）が発生するのが普通である。 この払い過ぎの部分を、翌年1月の給料において、勤労者に戻すこと（または不足の部分を追加徴収すること）を「年末調整」と呼んでいる。

所得税は、毎月の給料や賞与からあらかじめ概算の税額を差し引いておく仕組みになっており、この概算の税額を「源泉徴収税額」という。 この源泉徴収税額はあくまで概算なので、1年の終了時点では、所得税の払い過ぎ（または不足）が発生するのが普通である。 この払い過ぎの部分を、翌年1月の給料において、勤労者に戻すこと（または不足の部分を追加徴収すること）を「年末調整」と呼んでいる。

住宅ローン減税を参照。