上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の売却益に関しては、個人投資家が確定申告を行なって納税しなければならない。そこで、個人投資家の確定申告にかかる手続負担を軽減するために設けられた制度が「特定口座」である。

1．特定口座の概要
個人投資家は、自己の取引口座のある証券会社に「特定口座開設届出書」を提出することによって、自己の取引口座を「特定口座」として指定することができる（ちなみに、特定口座に指定されていない取引口座は「一般口座」と呼ばれる）。

特定口座は、証券会社に一つだけ開設することができる。複数の証券会社に取引口座がある場合には、それぞれの証券会社でそれぞれ一つずつ開設することができる。

こうして個人投資家が特定口座を持つと、証券会社は個人投資家の上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の売却益（または売却損）を毎月末締めで自動的に計算する。さらに、1年間の取引結果が「年間取引報告書」にまとめられて、翌年1月末頃に個人投資家の手元に届けられることになる。

2．「特定口座（源泉徴収あり）」の特徴
このような特定口座は、所得税額・住民税額の天引きをするかどうかによって、「特定口座（源泉徴収あり）」と「特定口座（源泉徴収なし）」という2種類に分かれている。

「特定口座（源泉徴収あり）」とは、証券会社が毎月の取引から生じた売却益に係る所得税額・住民税額（現行では税率10％）を、毎月末締めで自動的に顧客口座から天引きするという方式である。ただし、ある月に売却損が生じた場合には、その売却損は翌月以降に持ちされて翌月以降の売却益と相殺される仕組みとなっている。

この月末締めで天引き（源泉徴収）された金銭は、証券会社が翌月10日までに税務署に納税する。この納税により、証券会社が個人投資家の確定申告を代行することになるので、個人投資家自身は税務署で申告手続をする手間を省くことができるというメリットがある。

個人投資家は「特定口座開設届出書」を提出する際に、「特定口座源泉徴収選択届出書」を併せて提出することによって、この方式の適用を受けることができる。

なお、個人投資家がその年において売却損を被り、「上場株式等の譲渡損失の繰越控除」の適用を希望する場合には、「特定口座（源泉徴収あり）」を選択している場合であっても、自分自身で確定申告をしなければならないことに注意したい。

3．「特定口座（源泉徴収なし）」の特徴
個人投資家が「特定口座（源泉徴収なし）」を選んだ場合には、上記のような天引き（源泉徴収）の仕組みが適用されないため、個人投資家は自分自身で税務署にて確定申告の手続きを行なわなければならない。

ただし「特定口座（源泉徴収なし）」では、1年間の取引結果が「年間取引報告書」にまとめられて、翌年1月末頃に個人投資家の手元に届けられるので、この「年間取引報告書」によって簡便な方法で確定申告手続を行なうことができるというメリットがある。

なお、「特定口座（源泉徴収なし）」で確定申告を行なう場合、上場株式等の売却益は「配偶者控除等を適用するための所得金額」に加算されてしまうというデメリットがある。

例えば、パート収入のある妻の給与所得が、配偶者控除を受けられる範囲内の給与所得であったとしても、その妻が株式売買で多額の利益を上げたならば、その利益が配偶者控除の適用の判定にあたっての妻の所得金額に加算される結果、配偶者控除の適用外と判定されることがある。
（これに対して、「特定口座（源泉徴収なし）」を選べば、株式売却益は「所得金額」に加算されないので上記のようなデメリットは生じない）