土壌汚染状況調査を行なうことのできる者として指定された組織。二以上の都道府県の区域において土壌汚染状況調査等を行なう場合には環境大臣が、一の都道府県の区域において土壌汚染状況調査等を行なう場合には都道府県知事が指定する。
指定は5年ごとに更新される。また、指定調査機関は、技術管理者の設置義務、他の者に対する監督義務、業務規程の制定などが課せられている。
指定調査機関（土壌汚染対策法の～）
読み：していちょうさきかん（どじょうおせんたいさくほうの～）
土壌汚染状況調査
土壌について、人の健康に被害を生ずる恐れが大きいものとして指定された26種類の物質（特定有害物質）による汚染状況を把握するための調査。土壌汚染対策法に基づいて実施される。
土壌汚染状況調査には、実施が必要な場合に応じて次の３種類がある。
1）使用が廃止された有害物質使用特定施設に係る工場または事業場の敷地であった土地の調査2）土壌汚染の恐れがある土地の形質の変更が行なわれる場合の調査3）土壌汚染による健康被害が生ずるおそれがある土地の調査
土壌ガス調査・土壌溶出量調査・土壌含有量調査で構成されるが、その方法は、調査の目的、調査する特定有害物質の性質などに応じて基準が定められている。また、実施主体は土地所有者等で、調査の実施は指定調査機関が担当する。